Předchůdci Národního památkového ústavu jsou kontinuálně od roku 1958 Státní ústav památkové péče a ochrany přírody, vzniklý ze zákona 22/1958 Sb., a Krajská střediska státní památkové péče a ochrany přírody. Po odluce oboru ochrany přírody a jeho přechodu z resortu kultury do působnosti ministerstva životního prostředí se v roce 1991 příslušně zkrátil název SÚPP a po zániku KNV přešly krajské organizace do působnosti ministerstva kultury (pražská až v roce 2001), a to pod názvy Památkový ústav, později, od roku 2001, Státní památkový ústav.
Národní památkový ústav, který je odbornou organizací státní památkové péče podle zákona č. 20/1987 Sb., o státní památkové péči, ve znění zákona č. 320/2002 Sb., o změně a zrušení některých zákonů v souvislosti s ukončením činnosti okresních úřadů, vznikl splynutím dosavadních odborných organizací státní památkové péče k 1. 1. 2003.
Pracoviště při vzniku NPÚ a původní samostatné ústavy před rokem 2003
| ústřední pracoviště | Státní ústav památkové péče |
| územní odborné pracoviště v hlavním městě Praze | Státní památkový ústav v hlavním městě Praze |
| územní odborné pracoviště středních Čech v Praze | Státní památkový ústav středních Čech v Praze |
| územní odborné pracoviště v Českých Budějovicích | Státní památkový ústav v Českých Budějovicích |
| územní odborné pracoviště v Plzni | Státní památkový ústav v Plzni |
| územní odborné pracoviště v Ústí nad Labem | Státní památkový ústav v Ústí nad Labem |
| územní odborné pracoviště - správa státního zámku Sychrov | Správa státního zámku Sychrov |
| územní odborné pracoviště v Pardubicích | Státní památkový ústav v Pardubicích |
| územní odborné pracoviště v Brně | Státní památkový ústav v Brně |
| územní odborné pracoviště v Ostravě | Státní památkový ústav v Ostravě |
| územní odborné pracoviště v Olomouci | Státní památkový ústav v Olomouci |
| územní odborné pracoviště - správa státního hradu Bouzov | Správa státního hradu Bouzov |
Další vývoj základního členění Národního památkového ústavu
Pracoviště NPÚ vznikla 1. 1. 2003 z původních samostatných ústavů (viz předchozí přehled s původními názvy kurzívou). Z úvodního seznamu pracovišť zaniklo pracoviště na státním hradě Bouzov, které vplynulo roku 2004 do olomouckého pracoviště, a v roce 2006 i pracoviště na Sychrově, jež bylo zahrnuto do nového pracoviště v Liberci.
Síť pracovišť NPÚ byla postupně doplňována a v cílovém stavu odpovídá krajskému členění. V roce 2006 přibylo územní odborné pracoviště v Lokti (od 1. 7. 2006, pro Karlovarský kraj, se zahájením plné činnosti od 1. 1. 2007) a územní odborné pracoviště v Liberci (od 2. 2. 2006, pro Liberecký kraj) a v Kroměříži (od 2. 2. 2006, pro Zlínský kraj). Od 1. 1. 2008 působí územní odborné pracoviště v Josefově (pro Královéhradecký kraj) a územní odborné pracoviště v Telči (pro kraj Vysočina).